Narra la historia de Sousuke Sagara, un militar sin sentido común para vivir como un civil que se mete en un instituto de preparatoria como protector de Chidori Kaname dando situación a muchas escenas divertidas.
Como parte de la organizacion Mithril, el Sargento Souske Sagara, Melissa Mao y Kurz Weber reciben una misión secreta: vigilar a Kaname Chidori, una popular estudiante de un colegio mayor en Tokio que posee un oculto potencial militar.
En su misión de proteger a Chidori, Souske intentará eliminar cualquier tipo de amenaza.
Sousuke es orientado en sus tareas con la recogida de basura y Kurz quiere conocer a los objetivos mejor. Mientras tanto Tessa se preocupa por un centro de investigación en Rusia. El equipo de Souske descubre a un misterioso hombre escalando a la terraza de Kaname.
El avión con Souske, Kaname y 400 compañeros de clase es secuestrado y llevado a otro lugar. Kaname es sacada a la fuerza del avión. ¿Podrá Souske rescatarla?
Souske va al rescate de Kaname, y el resto del equipo va a la zona del conflicto.
Cuando el equipo de rescate se va, Souske, Kaname y Kurz intentan buscar un camino para volver a salvo.
Sagara y Kaname escapan del enemigo. Ahora intentan buscar un salida.
Shirai, una chica del instituto, es rechazada por un chico que va detrás de Kaname. Para evitar quedar mal con sus amigas intenta hacer pasar a Souske como su novio. El problema es que Souske no tiene ni idea de qué hacer en esas situaciones...
Un extraño chico llamado Takuma Kugayama ataca extrañamente a un policia en un control de pasaporte. La capitana Testarossa va en persona a ver el interrogatorio.
Chidori no se cree que Tessa sea capitana, pero cuando las cosas se ponen mas difíciles su opinión cambia drásticamente...
A21 ha recuperado a Takuma y ha secuestrado a Kaname y Tessa. Souske y el resto del equipo va en su rescate.
Cuando es activado el Behemoth empieza a destruir todo lo que encuentra a su paso. Souske y sus compañeros se disponen a detenerlo por todos los medios.
Durante una discusión con Melissa, Tessa la desafía a un duelo de Arm Slaves. Por ser la jefa del grupo le pedirá a Sousuke que sea su entrenador.
Sousuke, Kaname, y sus amigos visitan el festival militar de Narashino durante sus vacaciones de verano. En la fiesta, incluye una competición de AS, por lo que Sousuke ayuda al equipo de Narashino que pierde contra Nerima todos los años.
Sousuke es enviado a Helmajistan después de que Gauron fue hallado con vida. Es asignado temporalmente a otra unidad para la misión, pero debido a su edad, su presencia es tomado como una broma. Ellos ignoran el consejo de Sousuke, y su primer encuentro con Gauron acaba en desastre.
Sousuke y los miembros del equipo restantes toman como refugio una cueva. Sin embargo, él desprevenidamente ve que un viejo amigo, Zaied, está luchando junto a Gauron. La visión de Zaied en la planificación de Sousuke ellos da ventaja estratégica a él y a Gauron.
Sousuke lucha contra Zaied mientras Gauron acaba con el equipo de Mithril restante. Cuando parece que él es más hábil, Sousuke mata a su viejo amigo. Él enfronta a Gauron entonces y cuando sus Lambda Drivers chocan, Sousuke es el único que sobrevive.
Kaname estaba nerviosa cuando Sousuke le pide ir a una isla apartada con él, pero pierde el entusiasmo cuando era una artimaña para ir a la base de Mithril. Cuando ella llega al Danaan, está sorprendida del tratamiento real que recibe y es invitada a la fiesta por el primer aniversario del submarino.
Melissa cuenta a Tessa y Kaname de cómo ella reclutó a Kurz y Sousuke en el SRT. Inicialmente, ellos no eran los candidatos por excelencia; sin embargo, sus habilidades de combate durante una misión le hicieron cambiar de parecer.
Tessa comparte con Kaname la naturaleza de resonancia entre dos Whispered. Entretanto, el SRT se prepara para una misión contra los terroristas liderados por Gauron, que fue nuevamente encontrado con vida. Durante la batalla, Gauron es capturado, pero Melissa termina gravemente herida.
Sintiéndose culpa por la situación en la que está Melissa, Sousuke hace llorar a Kaname. Comprendiendo su error, él busca a Kaname para disculparse; sin embargo, con la ayuda de los traidores de SRT, Gauron toma mando del AI del Danaan con un programa especial, mientras tomando a Tessa, Kaname, y el comando como rehenes.
Para desacreditar a Mithril, Gauron usa el Danaan para atacar los buques de guerra americanos. Tessa comunica a Kaname que use la resonancia como un plan para recobrar el mando del submarino, creando un caos que le permite a Kaname escapar. Los hombres de Gauron la siguen, pero Sousuke y Kurz llegan para salvarla a tiempo.
Kaname se conecta directamente al sistema de la computadora del Danaan y lo reprograma mientras Sousuke encabeza el puente. Él rescata a Tessa y a la tripulación, pero Gauron intentaa escapar. Cuando Gauron está a punto de destruir el Danaan con su AS, Sousuke llega a su Arbalest.
Sousuke y Gauron luchan dentro de los confines del Danaan. Mientras pelean, Gauron activa la autodestrucción de su AS para destruir el Danaan. Con la ayuda de Kaname, Sousuke echa fuera del submarino el AS de Gauron, antes de su explosión.
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