En una ciudad donde gran parte de las personas tiene poderes sobre humanos que pueden ser explicados por medio de la ciencia, Misaka Mikoto es conocida como “Railgun” uno de los pocos Esper que llegaron al nivel 5 el máximo nivel de poder que se puede poseer.
En la Ciudad de la Academia, Kuroko Shirai, miembro de un grupo de comité moral público conocido como juicio, encuentra que su estudiante de último año en la Escuela Intermedia Tokiwadai, Mikoto Misaka, ya ha enviado algunos matones que fueron atacados, para disgusto de Kuroko. Después de los exámenes físicos en la escuela, en los que Mikoto es clasificado como un Esper, Kuroko invita a su colega Kazari Uiharu a conocer a Mikoto, y Kazari decide traer también a su amiga y compañera de clase, Ruiko Saten.
Mikoto invita a Kazari y Ruiko a su dormitorio para pasar el rato, arruinando los planes de Kuroko de celebrar su aniversario de un mes como compañera de cuarto de Mikoto. Al enterarse de que Kuroko había pedido afrodisíacos para la ocasión, Mikoto termina peleando con ella en el pasillo, solo para que ambos sean atrapados usando su poder por el temible supervisor del dormitorio Tokiwadai.
Kazari y Ruiko son invitadas por Mikoto y Kuroko a visitar School Garden, un distrito privado de Ciudad Academia donde se encuentran una gran cantidad de escuelas de élite para niñas. En el camino, Ruiko termina mojándose el uniforme y tiene que pedir prestado un uniforme de Tokiwadai. Mientras visitaban una pastelería, Kuroko y Kazari son llamados nuevamente a Judgement y se les informa de un caso en el que varios estudiantes de Tokiwadai fueron electrocutados y tenían cejas exageradas dibujadas con un marcador permanente.
Mikoto y los demás hablan sobre leyendas urbanas que han visto en Internet, incluida una sobre una mujer misteriosa que se desnuda en público. De particular interés para Mikoto es un rumor sobre un chico con la capacidad de cancelar otras habilidades, recordándole cuando conoció a Toma Kamijo durante un encuentro con un grupo de matones. Mientras está en la ciudad, Mikoto se encuentra con Tōma mientras intenta ayudar a una mujer a buscar dónde estacionó su auto.
Mientras patrullan, Kuroko y Kazari se encuentran con un par de pequeños ladrones que roban de un automóvil a plena luz del día. Sin embargo, cuando Kuroko ataca, los ladrones la emboscan y hieren a Kazari mientras se escapan rápidamente. Kazari regaña a Kuroko no solo por ignorar su advertencia, sino también por olvidar la promesa que hicieron juntos.
Cuando un Esper comienza a usar gravitones para hacer que metales de aluminio escondidos dentro de animales de peluche exploten por toda la ciudad, Judgement se esfuerza por identificar al culpable como el único Esper cuya habilidad se sabe que coincide con el nivel necesario de los incidentes que están en coma.
Mientras Judgment y Anti-Skill unen sus fuerzas para encontrar al culpable detrás de los bombardeos de gravitones cada vez más severos, Ruiko habla con Mikoto sobre el Level Upper, un objeto que se rumorea que aumenta el nivel de un Esper. Al día siguiente, Mikoto acompaña a Ruiko y Kazari al centro comercial, donde se encuentra con Tōma con la niña cuyo bolso recuperó el otro día.
Después de que Mikoto y los demás visitan a un Kazari enfermo, Kuroko siente curiosidad por saber cómo Hatsuya esper de nivel 2 tenía poderes equivalentes a los de un esper de nivel 4. Cuando Mikoto menciona la leyenda urbana de Level Upper que Ruiko había mencionado antes, Kuroko señala que esta no es la primera vez que el poder de un Esper y el nivel registrado han sido muy diferentes.
Mikoto y los demás se reúnen con la especialista de AIM, Harumi Kiyama, la mujer inmodesta que Mikoto había conocido previamente, sobre el Nivel Superior. Ruiko, que había descargado Level Upper, se lo guarda para sí misma cuando Kuroko menciona su relación con actividades delictivas. Al darse cuenta de que Ruiko se siente deprimida por ser un Esper de nivel 0, Mikoto intenta asegurarle que el nivel de un Esper no es importante, aunque esto secretamente irrita aún más a Ruiko.
Ruiko usa el nivel superior en ella y sus amigos, y se alegra solo de tener una habilidad propia. Mientras tanto, Kuroko se ocupa de más delincuentes de nivel superior y obtiene más lesiones en el proceso, manteniéndolos en secreto de Mikoto. Al recordar cuando comieron hielo raspado el otro día, Mikoto y Kuroko llegan a la conclusión de que Level Upper está usando la sinestesia para manipular múltiples sentidos a través de un solo estímulo.
Kiyama explica que usó Level Upper Network para conectar muchos cerebros como una supercomputadora alternativa ya que no se le permitió usar la supercomputadora Tree Diagram. Ella le asegura a Kazari que las víctimas serán liberadas pronto y le da un programa de cura. Cuando los Anti-Skills la bloquean, aprovecha el poder de Level Upper Network, llamado Multi-Skill, para utilizar las diversas habilidades de las víctimas para derrotarlas.
Mikoto intenta luchar contra la criatura mientras se dirige hacia una planta de energía nuclear, pero descubre que sus ataques solo hacen que se regenere y crezca. Con la red fuera de control, los usuarios comatosos de Level Upper comienzan a gritar de dolor. Kiyama explica cómo la criatura, llamada AIM Burst, es el resultado de los campos AIM de los 10.000 usuarios del nivel superior y sus pensamientos negativos.
Kinuho y Maaya les piden a Mikoto y Kuroko que las ayuden a ser modelos para un catálogo de trajes de baño en línea, y también invitan a Kazari, Ruiko, Konori y la rival de Kuroko, Mitsuko Kongō. Después de elegir sus trajes de baño, las chicas comienzan su sesión en un estudio holográfico que puede replicar varios entornos al tacto.
Ruiko, junto con otros estudiantes que habían usado el Nivel Superior, deben asistir a una clase especial en cierta escuela secundaria. Su primera lección, impartida por la pequeña maestra Komoe Tsukuyomi, trata sobre la importancia de tener una realidad personal para el desarrollo de habilidades.
Mitsuko se encuentra atacada por una pandilla Skill-Out llamada Big Spiders, pero es salvada por un hombre de pelo largo con un tatuaje de araña, cuya descripción Konori parece reconocer. Se muestra que este incidente es el último de una serie de ataques indiscriminados contra espers por parte de las Grandes Arañas, lideradas por uno que se hace llamar Wataru Kurozuma.
Mientras Konori evita ir a trabajar después de su encuentro con Kurozuma, Mikoto y los demás se encuentran con la compañera de cuarto de Konori, Aomi Yanagisako. Aomi revela que Konori fue una vez miembro de Big Spiders, que era un grupo más amigable en ese entonces y, a pesar de ser un Esper, Kurozuma le permitió quedarse, de quien se enamoró.
Después de tener un mal día, Tsuzuri hace un toque de queda en una sala de juegos donde conoce a un chico llamado Haruki Kōnoe, uno de los compañeros de clase de Kazari y Ruiko. A medida que empeoran los deberes Anti-Skill de Tsuzuri, Yomikawa le da un día libre para terminar su trabajo como maestra. Más tarde ese día, se encuentra con Kōnoe en la sala de juegos y le enseña cómo obtener un personaje secreto en su juego de lucha favorito, 'Gekisho 9'.
Después de sufrir la ira del supervisor del dormitorio una vez más, Kuroko busca venganza y se lleva a Mikoto con ella para seguir al supervisor del dormitorio en su día libre. Eventualmente llegan a un orfanato para Child Errors en Asunaro Park donde, para su sorpresa, el supervisor del dormitorio muestra un lado más amable con los niños allí.
El dormitorio de la Escuela Secundaria Tokiwadai alberga el Festival del Solsticio de Verano, un evento al que solo se puede acceder con invitación y en el que la mayoría de los estudiantes se visten como sirvientas.
El episodio comienza con un terremoto nocturno de tamaño moderado que interrumpe el estudio de Mitsuko. Después de que el terremoto disminuye, la taza de té de Mitsuko se cae misteriosamente de su escritorio, junto con toda su colección de muñecas flotando.
Tras el incidente de Poltergeist, Mikoto se pregunta si Kiyama está nuevamente involucrado, aunque Kuroko le recuerda que supuestamente Kiyama todavía está bajo custodia. Kuroko, en cambio, sospecha que Erii es la causa, ya que la mayoría de los ataques de Poltergeist han ocurrido en lugares donde ella ha estado.
Erii explica que tanto ella como Banri eran telépatas que habían crecido en un orfanato para Child Errors antes de que Banri se mudara, pero recientemente comenzó a escuchar el sufrimiento de Banri y ha estado tratando de encontrarla desde entonces. Mikoto le explica sobre el experimento Level Upper a Therestina, quien teoriza que los estudiantes comatosos de Kiyama son la causa de los incidentes de Poltergeist.
Aún sintiéndose preocupada, Kazari va a ver a Kiyama y la convence de compartir información con MAR para ayudar a sus alumnos. Sin embargo, Therestina destruye los datos de Kiyama y se niega a dejarles ver a Erii o a los niños.
Kiyama busca los remolques MAR, sin saber que son señuelos llenos de las Tropas MAR, pero Mikoto lo salva. Kuroko, Mitsuko, Yomikawa, Tsuzuri y los Anti-Skill mantienen a raya al resto de las Tropas MAR. Kiyama, Kazari y Ruiko se dirigen hacia el laboratorio de Kihara, mientras que Mikoto los defiende de Therestina, quien ataca con un gran robot gigante.
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